A través de un aparato, denominado microscopio, pueden fotografiarse los más variados y extraños objetos que nos podamos llegar a imaginar.
Con un equipo relativamente modesto, puede transformarse el contenido de una zona donde se encuentran escombros, en una secuencia de fotografías llenas de color.
Lo adecuado para realizar este tipo de fotografías es con una SLR, con fotómetro a través del objetivo. En otro caso se pueden utilizar fotómeros especiales, pero resulta pesado si se emplea una cámara de visor, se precisará ocultar el enfoque independiente.
Para realizar una fotomicrografía, en primer lugar debemos colocar la cámara sobre el coular del microscopio, con un adaptador o un soporte. Dirigir la luz de la lámpara hacia el centro del espejo.
Para amplicaciones bajas, de menos de 60 x, se ha de quitar el condensador. Si se utiliza una SLR, lo mejor es adaptar el cuerpo de la cámara al microscopio
Campo luminoso: Se crea transmitiendo la luz a través del espejo o de una lámpara incorporada debajo de la pletina. Esta técnica es adecuada para ejemplares translúcidos o transparentes, pero no para los opacos.
Campo obscuro: Hay especímenes difíciles de observar con la técnica de campo luminoso. Este tipo de ejemplares se verán más fácilmente con la iluminación del campo obscuro. Se crea, dirigiendo la lampara oblicuamente al ejemplar, normalmente desde encima de la pletina. Los ejemplares aparecerán brillantemente contrastados contra el fondo (sales de cobre por debajo). Se aconseja quitar el espejo para que no refleje luz hacia el objetivo.
El flash dentro de la microfotografía. Los ejemplares acuáticos vivos se mueven rápidamente y para captarlos conviene emplear un flash. También puede emplearse en el caso de sujetos lentos con estructuras que se agitan velozmente
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